"Mộc phủ phong vân" nói về Mộc phủ thời nhà Minh ở Vân Nam do Thổ ty Mộc thị người Nạp Tây thống trị và những ân oán tình thù, tranh giành địa vị quyền lực bên trong Mộc phủ.
Phim lấy bối cảnh thành phố Lệ Giang (thành cổ Lệ Giang), bày ra những biến hóa lịch sử của Mộc thị, lấy bối cảnh là Mộc phủ và Lệ Giang phong cảnh hữu tình, ưu tú tráng lệ cùng với nét đẹp văn hóa dân tộc đầy màu sắc rực rỡ.
Mộc Phủ - Lệ Giang, vùng cổ trấn tuyệt đẹp của Trung Hoa. Được ví như Tử Cấm thành của phương nam, Mộc phủ là công trình phủ đệ lớn nhất còn lại sau bao nhiêu năm biến cố đổi thay Chủ nhân của Mộc phủ là dòng họ người Nạp Tây, sau đó quy thuận nhà Minh, nên Minh Thái tổ ban cho "họ Mộc" của người Hán, trở thành họ chính thức và họ cũng học theo văn hóa Hán.
Trong 470 năm tồn tại cực thịnh, dòng họ Mộc đã trải qua 3 triều đại phong kiến (Nguyên /Minh/Thanh) của Trung Hoa và Tộc truyền được tổng cộng 22 đời. Dẫu chỉ là Thổ ti ở vùng Lệ Gia nhưng họ Mộc đã đạt tới uy quyền và sự giàu sang đủ để vượt xa không ít vương công, đại thần Tòa phủ đệ của dòng họ này nằm ở phía Nam thành cổ Lệ Giang hiện nay là một công trình xa hoa và tráng lệ vào loại bậc nhất ở khu vực Tây Nam của Trung Quốc.

Thời Bắc Ngụy, Bắc Địa Vương công cao lấn chủ, bị hoàng đế ban chết. Hai vương tử Thác Bạt Thiên Nhiên và Thác Bạt Á Thuật đào thoát thành công. Cha của Mộc Lan vâng mệnh bảo vệ huyết mạch cho tông thất, nuôi dưỡng hai vương tử. Mộc Lan cùng hai vương tử cùng nhau lớn lên. Ba năm sau, Thác Bạt gia được xá miễn, hai vương tử được triệu về kinh nhập ngũ. Sáu năm sau, lân bang sang xâm phạm, triều đình tiến hành tuyển quân rộng rãi. Dù già yếu thương tật, nhưng cha Mộc Lan cũng bị gọi nhập ngũ. Mộc Lan quyết định thay cha cải nam trang tòng quân. Trong quân doanh, Mộc Lan gặp lại Thác Bạt Thiên Nhiên và Thác Bạt Á Thuật. Thiên Nhiên biết được thân phận của Mộc Lan, nhưng yêu cầu Mộc Lan giữ bí mật với Á Thuật. Trong quá trình thao luyện binh sĩ, Mộc Lan và Á Thuật thường xuyên xung đột. Ban đầu Mộc Lan không muốn giết người, nhưng Á Thuật đã phân tích cho nàng hiểu ý nghĩa của chiến tranh và chức trách của quân nhân. Mộc Lan trở thành tướng tài, nhiều lần lập công. Chiến tranh kết thúc, Mộc Lan khôi phục thân phận nữ nhi. Hoàng đế tha cho nàng tội khi quân, và ban cho họ Hoa. Mộc Lan không ham vinh hoa phú quý, quyết định hồi hương quy ẩn...

Vào triều đại nhà Thanh, trong nhân gian xuất hiện một vị nữ hiệp tên là Lữ Tứ Nương (Trịnh Du Linh). Người mà từ nhỏ đã lớn lên trong một gia đình giàu sang, nhưng vì tính khí bất bình nên nhiều lần chống đối nhà Thanh. Đó cũng là nguyên nhân khởi nguồn cho việc cả gia đình cô bị tru di. Từ đó Tứ Nương đã hận nay còn ôm mối hận lớn hơn rất nhiều lần ở trong lòng. Nhưng sau đó, trớ trêu là cô đã yêu một người con của Khang Hy là Ung Chính. Lúc này ông ta còn là một vị A Ca nên Tứ Nương đã không ra tay sát hại. Sau vì Ung Chính bất chấp đạo nghĩa nên Tứ Nương lần này dứt bỏ tình riêng, hành thích hoàng đế…

Càn Long bị sắc đẹp của Kha Tư Lệ quyến rũ và ra sức ép buộc Kha Tư Lệ phục tùng mình nhưng cô kiên quyết chống cự. Trần Gia Lạc vào hoàng cung và gặp lại Càn Long. Chàng nhắc nhở Càn Long về lời thề phản Mãn phục Hán trên Lục Hòa tháp, và vì quyền lợi chung của quốc gia dân tộc, chàng sẵn sàng hy sinh hạnh phúc của bản thân khi thuyết phục Kha Tư Lệ phục tùng Càn Long. Kha Tư Lệ phát hiện ra rằng Càn Long đã tráo trở bội ước và âm mưu giăng một mẻ lưới bắt gọn các yếu nhân Hồng Hoa hội nhằm giữ kín bí mật thân thế.