Năm học thứ sáu của Harry Potter ở Hogwarts hóa ra lại là một năm đầy thú vị. Điều thú vị đầu tiên là việc chào đón một giáo sư mới tại Hogwarts, thầy Horace Slughorn, người dạy cho Harry nhiều điều thú vị trong môn độc dược của thầy Snape hắc ám. Thầy Slughorn còn cho Harry mượn đồ dùng của trường học, và trong số đó có một quyển sách cũ nát thuộc về chủ nhân tên là Hoàng Tử Lai. Quyển sách có nhiều ghi chú nguệch ngoạc ở lề mỗi trang giấy, và đây lại là người khuyên giúp Harry có thể tiến bộ trong pháp thuật của mình. Cũng trong năm học này, thầy Dumbledore mở một lớp học riêng cho Harry. Ở đó, thầy cho Harry xem những kí ức về những bí mật đen tối của quá khứ Voldermort, với hy vọng rằng Harry có thể lợi dụng những điểm yểu của Voldermort để đánh bại hắn trong trận chiến cuối cùng. Draco Malfoy, kẻ thù không đội trời chung của Harry, có nhiều hành động khả nghi, luôn lén lút đi khắp trường. Vì thế, Harry cho rằng Draco là nội gián của Voldermort và quyết tâm tìm hiểu chính xác chuyện gì đang xảy ra. Nhưng giữa những nguy hiểm cận kề của chúa tể hắc ám, những học sinh của trường Hogwarts vẫn có cuộc sống thường nhật: bận rộn với việc học, cũng như các trận cầu Quidditch và đương nhiên là tình yêu đầu đời của tuổi mới lớn.
Ron có cô bạn gái mới, Lavender Brown, và Hermione thì hoàn toàn không vui vẻ gì về chuyện này. Tình bạn giữa họ lại rục rặc và như mọi lần, Harry lại là người đứng giữa. Trong lúc đó, Harry cũng đang đối mặt với những lo lắng của mình khi cậu nhận thấy mình đang thầm thương trộm nhớ em gái của cậu bạn thân nhất, Ginny Weasly, người đang hẹn hò với bạn cùng lớp của Harry, Dean Thomas. Thế lực của Voldermort ngày càng lớn mạnh, cuộc chiến chống lại thế lực hắc ám ngày càng đến gần làm cho bộ phim càng kịch tính hơn. Đã bắt đầu có những hy sinh mất mát …

Chúa tể Voldemort cùng đám tay chân của hắn đang âm mưu tấn công Harry Potter khi cậu rời khỏi ngôi nhà của gia đình Dursley lần cuối cùng. Ngay trước khi phép bảo vệ cho Harry tại gia đình Dursley hết hiệu lực vào thời điểm Harry bước qua tuổi 17, người của Hội Phượng hoàng đến để hộ tống cậu tới một nơi ở mới an toàn. Mặc dù đã dùng sáu người nguỵ trang thành Harry, Harry thật vẫn bị Voldemort cùng các Tử thần Thực tử phát hiện ra trên đường đi và bị tấn công...

Dựa trên tập thứ hai thuộc loạt sách ăn khách của tác giả J.K. Rowling, bộ phim kể lại cuộc sống của cậu bé Harry Potter trong năm học thứ hai tại trường phù thủy Hogwarts. Mong ngóng trở lại ngôi trường thân yêu của Harry bị một sinh vật kỳ lạ phá tan tành. Chú gia tinh Dobby đã mang tới lời cảnh báo về những nguy cơ tiềm ẩn đang chờ cậu và tìm cách ép Harry nghỉ học. Bất chấp điều đó, Harry vẫn trở lại nơi cậu coi là mái ấm thực sự. Tuy nhiên, Hogwarts có nguy cơ bị đóng cửa vĩnh viễn khi một chuỗi sự kiện kỳ lạ bắt đầu xảy ra: Những vệt máu lạ trên tường, học sinh các Nhà lần lượt hóa đá, câu chuyện thần bí và rùng rợn về phòng chứa bí mật... Rồi Harry phát hiện ra mình nghe thấy giọng nói lạ, phát ra từ đâu đó bên trong bức tường...

Kết thúc phần 1 là khi nhóm bạn Harry Potter, Ron và Hermione quay trở lại trường Hogwarts để tìm và tiêu diệt Trường Sinh Linh Giá cuối cùng của Voldemort. Nhưng Voldemort đã phát hiện ra nhiệm vụ của họ, và trận chiến pháp thuật lớn nhất trong lịch sử đã diễn ra ở đây, nơi mà biết bao người ngã xuống, nơi mà tất cả các pháp sư dũng cảm sẵn sàng đánh đổi cuộc sống của mình để tiêu diệt tận cùng thế lực hắc ám. Giáo sư Dumbledore mặc dù đã mất từ tập 6, nhưng ở phần cuối ông vẫn đóng vai trò quan trọng trong việc dẫn đường chỉ lối cho Harry chiến đấu với phù thủy hắc ám mạnh nhất mọi thời đại...

Khi giải Quidditch Thế giới bị cắt ngang bởi những kẻ ủng hộ Chúa tể Voldemort và sự trở lại của Dấu hiệu hắc ám khủng khiếp, Harry ý thức được rõ ràng rằng, Chúa tể Voldemort đang ngày càng mạnh hơn. Và để trở lại thế giới phép thuật, Chúa tể hắc ám cần phải đánh bại kẻ duy nhất sống sót từ lời nguyền chết chóc của hắn - Harry Potter. Vì lẽ đó, khi Harry bị buộc phải bước vào giải đấu Tam Pháp thuật uy tín nhưng nguy hiểm, cậu nhận ra rằng trên cả chiến thắng, cậu phải giữ được mạng sống của mình.